基于轉錄組測序技術(shù)篩選花[魚(yú)骨]卵巢發(fā)育相關(guān)基因
摘要:為篩選影響花[魚(yú)骨]卵巢發(fā)育相關(guān)的基因,采用Illumina Hiseq技術(shù)對花[魚(yú)骨]腦、卵巢和肝臟組織進(jìn)行高通量轉錄組測序。結果顯示,3個(gè)組織分別產(chǎn)生了49 484 132、47 540 538和50 622 304個(gè)clean reads,組裝后共獲得了99 878個(gè)unigenes,平均長(cháng)度為1 430 bp。DE seq分析發(fā)現,在腦vs.卵巢組中特異性表達的基因數為2 305個(gè),腦vs.肝臟組中特異性表達的基因數為839個(gè),卵巢vs.肝臟組中特異性表達的基因數為1 474個(gè),3個(gè)比較組共有的差異表達基因數為860個(gè)。GO分析發(fā)現,上述差異表達基因主要集中在初級代謝過(guò)程(primary metabolic process)、單細胞過(guò)程(single-organism process)、有機物代謝過(guò)程(organic substance metabolic process)等生物學(xué)過(guò)程中。KEGG pathway分析顯示,一些與卵巢發(fā)育和減數分裂相關(guān)的信號通路得到了顯著(zhù)富集,如GnRH信號通路、類(lèi)固醇激素合成、TGF-β信號通路、卵母細胞減數分裂等代謝通路。本研究結果豐富了花[魚(yú)骨]的基因資源,可為花[魚(yú)骨]的繁殖生物學(xué)研究提供基礎數據。
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