煙草疫霉SSR分子標記的開(kāi)發(fā)與初步應用
摘要:為開(kāi)發(fā)煙草疫霉的SSR分子標記,利用MISA軟件搜索煙草疫霉基因組序列中的SSR位點(diǎn),共發(fā)現1311個(gè)SSR位點(diǎn),優(yōu)勢SSR位點(diǎn)為二核苷酸和三核苷酸,分別占總SSR位點(diǎn)的56.45%和39.36%;根據分析到的SSR位點(diǎn)使用Primer 5.0軟件設計48對SSR引物,以7株煙草疫霉的DNA為模板對這些引物進(jìn)行篩選,共獲得擴增條帶清晰且具有多態(tài)性的SSR引物20對,然后使用其中的6對SSR對32株煙草疫霉進(jìn)行UPGMA聚類(lèi)分析,遺傳相似系數在0.60~1.00之間,在相似系數0.70水平上,可將其劃分為3個(gè)類(lèi)群,類(lèi)群Ⅰ包含29個(gè)菌株,類(lèi)群Ⅱ包含1個(gè)菌株,類(lèi)群Ⅲ包含2個(gè)菌株,顯示出較低的遺傳分化水平。這些SSR引物的開(kāi)發(fā)將為研究我國煙草疫霉的遺傳多樣性、群體遺傳結構以及遺傳圖譜構建等奠定基礎。
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