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			加急見(jiàn)刊
		
        
		

		
		
        
			
        
				
				
				
        
					
					
        
						
						
        撒壩豬SPDEF基因克隆及其生物信息學(xué)分析
        
						
        袁荷梅; 李明麗; 馬黎; 蘭國湘; 崔藝佳; 周曉霞; 曾韋植; 嚴達偉; 魯紹雄; 董新星  云南農業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院; 昆明650201; 云南農業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院; 昆明650212
        

					
        
					
        摘要：為明確豬SPDEF基因的遺傳特性,試驗對不同豬種SPDEF基因的CDS區進(jìn)行序列擴增、測序、拼接,并對撒壩豬SPDEF基因CDS序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。采用PCR直接測序法測定豬SPDEF基因外顯子序列,運用SeqMan進(jìn)行序列拼接。采用生物信息學(xué)軟件分析撒壩豬SPDEF基因開(kāi)放閱讀框及其編碼蛋白的基本理化性質(zhì)、疏水性、信號肽、跨膜區、亞細胞定位、磷酸化位點(diǎn)、糖基化位點(diǎn)、二級結構、三級結構、功能結構域,并構建系統進(jìn)化樹(shù)。結果表明,各豬種SPDEF基因編碼區僅在外顯子1、2分別檢測到1個(gè)同義突變(C13971T、C16541T),表明該基因編碼區在所檢測的豬群中高度保守。生物信息學(xué)分析發(fā)現,該基因有1個(gè)長(cháng)1 092 bp的完整開(kāi)放閱讀框;SPDEF蛋白中絲氨酸(Ser)含量最高(10.7%),體外理論半衰期為30 h,屬于不穩定的親水性蛋白;該蛋白不存在信號肽及跨膜結構,存在39個(gè)潛在的磷酸化位點(diǎn)和1個(gè)糖基化位點(diǎn),亞細胞定位于細胞質(zhì);二級結構預測中,參與無(wú)規則卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能結構域預測發(fā)現,該蛋白存在1個(gè)ETS功能結構域和1個(gè)SAM-PNT功能結構域。系統進(jìn)化樹(shù)結果顯示,撒壩豬與牛、綿羊和山羊的親緣關(guān)系較近。本研究為進(jìn)一步分析撒壩豬SPDEF基因的功能奠定了一定的理論基礎。
        
					
        注: 保護知識產(chǎn)權,如需閱讀全文請聯(lián)系中國畜牧獸醫雜志社
        
				
        
				

			
        
		
        

		
		

	
        

	
	
	
	
	
	
	
	


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