哈薩克羊INHβA基因克隆及生物信息學(xué)分析
摘要:試驗旨在克隆哈薩克羊抑制素βA(inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及編碼蛋白的結構和功能。根據GenBank中綿羊INHβA基因序列(登錄號:NM001009458.1)設計1對特異性引物,通過(guò)RT-PCR方法對哈薩克羊INHβA基因進(jìn)行擴增,將獲得的INHβA基因片段插入到pMD19-T載體中進(jìn)行克隆測序,并結合生物信息學(xué)方法預測和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修飾位點(diǎn)及二級結構、三級結構模型等。結果顯示,哈薩克羊INHβA基因長(cháng)1 278 bp,編碼425個(gè)氨基酸。哈薩克羊INHβA基因與綿羊、牛、野豬、小鼠、人、大鼠、貓、兔、馬的同源性分別為98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%,表明INHβA基因在不同物種之間具有較高的保守性。INHβA蛋白分子式為C2072H3325N603O628S26,分子質(zhì)量為47.57 ku,理論等電點(diǎn)(pI)為7.87,不穩定系數為66.16,脂溶指數為78.47,親水值為-0.507。INHβA是一種堿性不穩定的親水性脂溶性蛋白,沒(méi)有跨膜結構,含有信號肽。二級結構預測顯示,INHβA蛋白α-螺旋、β-轉角、無(wú)規則卷曲、延伸鏈分別占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三級結構預測顯示,INHβA蛋白以α-螺旋為主,是含有8種蛋白修飾位點(diǎn)的β-桶狀蛋白。本試驗結果為深入研究哈薩克羊INHβA蛋白功能及探討INHβA基因對提高哈薩克羊繁殖力的影響提供參考數據。
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