北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型諾如病毒變異株全基因組序列分析
摘要：目的 對北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型諾如病毒變異株進(jìn)行全基因組序列擴增及進(jìn)化分析,了解其基因遺傳變異特征.方法 采用一步法反轉錄聚合酶鏈反應,對2017年北京發(fā)現的兩株GⅡ.P16-GⅡ.2諾如病毒進(jìn)行全基因組序列分段擴增及測序,利用DNAStar 7.0、BioEdit進(jìn)行序列拼接,采用Mega 5.05軟件以最大似然法構建進(jìn)化樹(shù),采用SimPlot軟件進(jìn)行相似性分析,并分析其組織血型抗原結合位點(diǎn)及附近氨基酸變異情況.結果 全基因組及衣殼蛋白區進(jìn)化樹(shù)分析顯示,北京市2017年發(fā)現的兩株諾如病毒與其他2016-2017年出現的GⅡ.P16-GⅡ.2型諾如病毒單獨形成一個(gè)分支.聚合酶區進(jìn)化樹(shù)分析顯示,這兩株病毒與其他2016-2017年的GⅡ.P16-GⅡ.2型、2015-2016年的GⅡ.P16-GⅡ.4 Sydney 2012型混合形成一個(gè)分支.與2016年以前的GⅡ.P16-GⅡ.2型諾如病毒相比,衣殼蛋白區及聚合酶區序列進(jìn)化樹(shù)分析提示,GⅡ.P16-GⅡ.2 2016-2017與201 1年該型諾如病毒分離株進(jìn)化距離更近.氨基酸序列比較發(fā)現,兩株病毒組織血型抗原結合位點(diǎn)附近的氨基酸與其他該型別諾如病毒相比,各有一處點(diǎn)突變.結論 北京市2017年發(fā)現的兩株諾如病毒經(jīng)全基因分析證實(shí)為GⅡ.P16-GⅡ.2型重組株,并且有可能是從2011年發(fā)現的GⅡ.P16-GⅡ.2型諾如病毒進(jìn)化而來(lái).
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